Cette bastide navarraise a été fondée créé en 1288 par Claire de Rabastens, sur un coteau en bordure de la rivière Aran, d’où son nom gascon Bastida de Clarença.

Venant principalement de Bigorre, les habitants se voient octroyer une charte en juillet 1312, par Louis I de Navarre, futur Louis X le Hutin. La naissance de ce village correspond à une nécessité pour la Navarre de créer une ville forte dans cette zone frontière boisée. La Bastide-Clairence, ainsi que son nom l’indique, est une ville forte. L’historien Paul Broca y voit encore les restes de son ancienne et puissante forteresse en 1875.

La Bastide-Clairence accueille peu à peu une population commerçante venue du Sud-Ouest de la France puis d’ d’Espagne fuyant l’inquisition, et des Basques des villes et villages aux alentours. Une autre version concernant l’origine de la ville existe. Celle-ci aurait été peuplée notamment de pèlerins de Saint-Jacques-de-Compostelle appelés les Francos.

Vers 1700, la population est de 2 000 communiants. Les habitants vivent de l’industrie de la clouterie, de la confection de lainages et de la bonnèterie et de l’agriculture. Des foires de 12 jours assurent la prospérité de la ville.

Si au xvie siècle les habitants ne parlent pas le basque, mais le gascon, peu à peu ils adoptent la langue et les coutumes basques. La ville compte au xviie siècle 320 maisons et des moulins. De 1575 à 1789, La Bastide de Clairence dépend des seigneurs de Gramont.

La ville compte une importante communauté juive après l’expulsion des juifs portugais.

Aujourd’hui encore, la place des Arceaux et ses maisons à colombages accueillent de nombreux artisans d’art. Parmi ces maisons très typiques, on distingue deux tendances architecturales :

le style labourdin, avec des maisons à mur pignon, toit à deux pentes, façade en colombage de couleur rouge ou verte sur encorbellements, fenêtres à meneaux et linteaux sculptés.
un style de maisons navarraises à toit à deux ou quatre versants et portes en arc de voûte.
La Bastide-Clairence s’est vu attribuer le label des plus beaux villages de France, décerné par une association indépendante visant à promouvoir les atouts touristiques de petites communes françaises riches d’un patrimoine de qualité.

La commune, autrefois dénommée Labastide-Clairence, a été rebaptisée La Bastide-Clairence le 25 juin 1988.